Головные функции ФГБУ «НМИЦ РК» Минздрава России в совершенствовании медицинской реабилитации и санаторно-курортного дела:
 
Организация оказания медицинской помощи по профилю медицинская реабилитация в том числе
в условиях санаторно-курортного лечения:

• Формирование базы данных медицинских организаций (в том числе санаторно-курортных организаций) и создание паспортов медицинской службы субъектов Российской Федерации;
• Организация службы телемедицинских консультаций;
• Мониторинг качества медицинской помощи.

Подготовка медицинских кадров по соответствующим профилям:

• Формирование профессиональных стандартов;
• Разработка и реализация профильных образовательных программ ординатуры, аспирантуры, повышения квалификации и профессиональной переподготовки.

Научно-практическая деятельность в области исследования и разработок:

• Участие в научных альянсах с ведущими национальными научно-практическими центрами с целью разработки и обоснования новейших методов и комплексных программ медицинской реабилитации;
• Разработка концептуальных подходов к решению проблем оздоровления работающего населения, выбор и обоснование основных направлений профилактических мероприятий в условиях санаторно-курортных организаций;
• Определение потребностей практического здравоохранения в инновационных продуктах 
и технологиях;
• Развитие международного сотрудничества с целью обмена опытом, внедрение лучших мировых практик в области реабилитации и курортологии.

 
В Центре применяется уникальная на территории Российской Федерации комбинация различных классических и инновационных методик реабилитации, основанных на клиническом опыте применения современных научных достижений.

На базе Учебно-методического Центра (УМЦ) ФГБУ «НМИЦ РК» проводится обучение в ординатуре, аспирантуре, а также по программам профессиональной переподготовки и повышения квалификации. 
В УМЦ работает диссертационный совет, принимающий к защите диссертации на соискание ученых степеней кандидата и доктора медицинских наук по специальности 14.03.11 — восстановительная медицина, спортивная медицина, лечебная физкультура, курортология и физиотерапия в области медицинских, психологических и биологических наук.

В составе ФГБУ «НМИЦ РК» Минздрава России действует Испытательный центр природных лечебных ресурсов, который совместно с другими структурными подразделениями принимает активное участие 
в разработке научных основ изучения и рационального использования природных лечебных ресурсов 
и научно-практических рекомендаций их применения в медицинской практике.

ФГБУ «НМИЦ РК» поддерживает международные научные и деловые связи, организует научные форумы, конгрессы, конференции и выставки в России и за рубежом.